| 題名 | 発行日 | |
| すべてがFになる THE PERFECT INSIDER | 講談社文庫 | 1998年12月15日 |
| 冷たい密室と博士たち DOCTORS IN ISOLATED ROOM | 講談社文庫 | 1999年3月15日 |
| 笑わない数学者 MATHEMATICAL GOODBYE | 講談社文庫 | 1999年7月15日 |
| 詩的私的ジャック JACK THE POETICAL PRIVAT | 講談社文庫 | 1999年11月15日 |
| 封印再度 WHO INSIDE | 講談社文庫 | 2000年3月15日 |
| 幻惑の死と使途 ILLUSION ACCTS LIKE MAGIC | 講談社文庫 | 2000年11月15日 |
| 夏のレプリカ REPLACEABLE SUMMER | 講談社文庫 | 2000年11月15日 |
| 今はもうない SWITCH BACK | 講談社文庫 | 2001年3月15日 |
| 数奇にして模型 NUMERICAL MODELS | 講談社文庫 | 2001年7月15日 |
| 有限と微小のパン THE PERFECT OUTSIDER | 講談社文庫 | 2001年11月15日 |
〈Vシリーズ〉
| 題 名 | 発行日 | |
| 黒猫の三角 DELTA IN THE DARKNESS |
講談社ノベルス | 1999年5月5日 |
| 人形式モナリザ SHAPE OF THINGS HUMAN |
講談社ノベルス | 1999年9月5日 |
| 月は幽咽のデバイス THE SOUND WALKS WHEN THE MOON | 講談社ノベルス | 2000年1月5日 |
| 夢・出会い・魔性 YOU MAY DIE IN MY SHOW | 講談社ノベルス | 2000年5月5日 |
| 魔剣天翔 COCKPIT ON KNIFE EDGE | 講談社ノベルス | 2000年9月5日 |
| 恋恋蓮歩の演習 A SEA OF DECEITS | 講談社ノベルス | 2001年5月5日 |
| 六人の超音波化学者 SIX SUPERSONIC SCIENTISTS | 講談社ノベ ルス | 2001 年9月5日 |
| 捩れ屋敷の利鈍 THE RIDDLE IN TORSIONAL NEST |
講談社ノベルス | 2002年1月10日 |
| 朽ちる散る落ちる ROT OFF AND DROP AWAY |
講談社ノベルス | 2002年5月8日 |
| 赤緑黒白 RED GREEN BLACK AND WHITE | 講談社ノベルス | 2002年9月5日 |
〈四季シリーズ〉
| 題 名 | 発行日 | |
| 春 Green Spring | 講談社ノベルス | 2003年9月5日 |
| 夏 Red Summer |
講談社ノベルス | 2003年11月5日 |
| 秋 White Autumn | 講談社ノベルス | 2004年1月8日 |
| 題名 | 発行日 | |
| φは壊れたね PATH CONNECTED φ BROKE | 講 談社ノベルス | 2004 年9月5日 |
〈短編集〉
| 題名 | 発行日 | |
| まどろみ消去 MISSING UNDER THE MISTLETOE | 講 談社文庫 | 2000 年7月15日 |
| 地球儀のスライス A SLICE OF TERRESTRIAL |
講談社ノベルス | 1999年1月8日 |
| 今夜はパラシュート博物館へ | 講 談社ノベルス | 2001 年1月10日 |
| 虚空の逆マトリクス INVERSE OF VOID MATRIX | 講談社ノベルス | 2003年1月7日 |
〈長編〉
| 題名 | 発行日 | |
| 墜ちていく僕たち Falling Ropewalkers | 集英社 | 2003年4月30日 |
| そして二人だけになった UNTIL DEATH DO US PART | 講談社ノベルス | 2001年11月5日 |
| 女王の百年密室 GOD SAVE THE QUEEN | 幻冬社 | 2000年7月10日 |
| 迷宮百年の睡魔 LABYRINTH IN ARM OF MORPEUS | 新 潮社 | 2003 年6月25日 |
| 工学部・水柿助教授の日常 Ordinary of Dr.Mizukaki |
幻冬社 | 2001年1月10日 |
| 工学部・水柿助教授の逡巡 The Hesitation of Dr.Mizukaki | 幻冬社 | 2004 年12月20日 |
| スカイ・クロラ The Sky Crawlers |
中央公論新社 | 2001年6月25日 |
| ナ・バ・テア None But Air | 中央公論新社 | 2004年6月25日 |
| ダウン・ツ・ヘヴン Down to Heaven |
中央公論新社 | 2005年6月25日 |
| 奥様はネットワーカ Wife at Network |
ダ・ヴィンチブックス | 2002年7月27日 |
| ZOKU | 光文社 | 2003年10月25日 |
| 題 名 | 発行日 | |
| 森博嗣のミステリィ工作室 MORI Hiroshi's Mystery Workshop | 講談社文庫 | 2001年12月15日 |
| すべてがEになる | 幻冬社 | 2000年2月1日 |
| 毎日は笑わない工学博士たち | 幻冬社 | 2000年8月10日 |
| 封印サイトは詩的私的手記 | 幻 冬社 | 2001 年7月10日 |
| ウェブ日記レプリカの使途 | 幻 冬社 | 2003 年2月27日 |
| 臨機応答・変問自在 | 集 英社新書 | 2001 年4月22日 |
| 臨機応答・変問自在２ | 集 英社新書 | 2002 年9月22日 |
| アイソパラメトリック Isoparametric | 講談社 | 2001年11月30日 |
| 君の夢 僕の思考 You will dream while I think | PHP研究所 | 2002年6月19日 |
| 議論の余地しかない A Space under Discussion | PHP 研究所 | 2002 年12月18日 |
| 悪戯王子と猫の物語 Fables of Captain Trouble with Cat | 講談社 | 2002年10月15日 |
| 猫の建築家 A Cat of Architect | 光文社 | 2002年10月25日 |
| 100人の森博
嗣 | ダ・ヴィンチブックス | 2003年3月30日 |
| 森博嗣の浮遊研究室 MORI Hiroshi's Floating Laboratory | ダ・ヴィンチブックス | 2003年3月30日 |
| 森博嗣の浮遊研究室２ 未来編 MORI Hiroshi's Floating Laboratory２ future stage | ダ・ヴィンチブックス | 2003年10月10日 |
| 森博嗣本 | 宝島社 | 2004年6月7日 |
